A comienzos del siglo XVI, los invasores españoles encontraron pequeños poblados a las orillas del lago. Para ese entonces, los fértiles valles y los lugares propicios para la agricultura eran utilizados sin mayor impacto en los bosques y sin generar mayor erosión. La descripción de Panajachel como un “vergel” lleno de árboles frutales y campos de cultivo da una idea del uso de la tierra en aquel tiempo. Para ese entonces existía también un poblado en el valle de San Buenaventura, pero a comienzos del siglo XIX, en antiguas escrituras se afirma que los terrenos del valle “corresponden al Estado en razon (sic) de haberse extinguido completamente la población de San Buenaventura.” Según contaba Don Moisés Rivera Soto (1888-1970), años antes de la Independencia y por mandato real, Don Rafael de la Torre, un hijo de un prestante cura de la Corte española, llegó a posesionarse de estas tierras. 

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Consta en las escrituras de 1836, que don Rafael hizo titular el “terrenos baldío” de San Buenaventura, a lo que se opusieron “los alcaldes, principales y demas comun (sic) del pueblo de San Francisco Panajachel.” Allí, al decir de los vecinos de Panajachel, ellos tenían sus “siembras para pago de mirar, manutención de nuestro Padre cura y demas urgencias y necesidades del pueblo”. Eventualmente, como resultado del conflicto de intereses, Don Rafael murió a manos de sus opositores.